Les députés européens ont d'importants moyens d'action au-delà de leur pouvoir de voter les textes. Depuis le traité de Maastricht en 1992, en effet, le Parlement dispose de 4 nouveaux moyens de contrôle : la possibilité de créer des commissions d'enquête, recevoir des pétitions, élire un médiateur et accéder à la Cour de justice.

• le pouvoir de constituer des commissions temporaires d’enquête à la demande d’1/4 de ses membres : ces commissions peuvent avoir des conséquences redoutables . L'une d'elles a abouti le 15 mars 1999 à la démission en bloc de la Commission, l'organe le plus influent dans les institutions européennes. Il s'agissait à l'époque de la Commission présidée par Jacques SANTER. Ces commissions d'une façon plus générale examinent les allégations d'infraction ou de mauvaise administration dans l’application du droit communautaire.
• le droit de recevoir des pétitions : tout citoyen de l’Union, tout individu résidant dans un État membre ou toute personne morale (entreprises, organismes) y ayant son siège peut présenter une pétition au Parlement européen sur un sujet relevant des domaines d’activité de la Communauté ou qui le ou la concerne directement.
• le pouvoir d’élire un médiateur : le médiateur, élu pour 5 ans, reçoit les plaintes de tout citoyen de l’Union ou de toute personne physique ou morale résidant ou ayant son siège dans un État membre sur la mauvaise administration des institutions et organes communautaires. Il procède aux enquêtes, saisit l’institution qui doit donner son avis, transmet son rapport au Parlement et à l’institution concernée, informe le plaignant. Chaque année le médiateur adresse un rapport au Parlement sur son activité générale et les résultats de ses enquêtes.
• le droit d’accès à la Cour de justice : le Parlement peut former des recours auprès de la Cour de justice des Communautés européennes afin de défendre ses prérogatives face aux autres institutions.